Pakruojo Juozo Pakalnio muzikos mokykla įsteigta 1965 metais. Mokykloje veikė akordeono ir fortepijono klasės, mokėsi 50 mokinių.
Pirmoji mokyklos direktorė – Regina Kaukėnienė. Nuo 1968 iki 2012 m. – Zenonas Ragulskis. Nuo 2012 m. pabaigos mokyklai vadovauja Nijolė Pupinienė
Pirmieji mokytojai – R. Kaukėnienė, Z. Jodokevičius, A. Pajėdaitė, L. Ragaišienė, Z. Ragulskis, V.Valionis.
1970 m. išleista pirmoji laida – 3 akordeono klasės mokiniai. Per daugiau kaip 48 mokyklos gyvavimo metus mokyklą baigė 470 mokinių. Iš baigusių mokyklą apie 70 moksleivių savo gyvenimą susiejo su muzika. Vieni dar mokosi, kiti dirba pedagoginį darbą, dar kiti yra įvairių orkestrų ar kitų kolektyvų artistai arba jų vadovai.
Mokykloje vaikai ir jaunimas gauna ne tik instrumento valdymo įgūdžių, bet ir plečiasi jų akiratis, yra sąlygos patiems išbandyti jėgas koncertuose, konkursuose, šventėse. Įsimintini mokyklos mokinių ir mokytojų koncertai kompozitoriaus S.Vainiūno namuose Vilniuje, koncertai Šiaulių filharmonijoje, Šiaulių konservatorijoje, koncertai su Jecavos (Latvija), Mariestado (Švedija) muzikos mokyklomis ir t.t. Geriausi mokiniai savo jėgas bando B. Dvariono, J. Pakalnio, J. Švedo, respublikos akordeonistų, „Dainų dainelės“ ir kituose konkursuose, šventėse, festivaliuose. Sėkmė lydėjo Paulių Batvinį (mokyt. R. Varvuolis, koncert. S. Geležėlienė) pelniusį laureato vardą trijuose J. Pakalnio konkursuose, papildomo ugdymo jaunimo šokių kolektyvą (mokyt. L. Juodagalvienė) respublikinio šokių konkurso „Aguonulė 2008“ laureatą. Sėkmingai dalyvavo rajoninėse bei respublikinėse moksleivių dainų šventėse mokytojų L. Šiaulienės, P. Jasilionienės, I. Bajorūnienės, L. Stravinskienės, L. Juodagalvienės paruošti kolektyvai.
Miesto muzikinį gyvenimą papildo muzikos mokykloje vykstantys profesionaliosios muzikos koncertai mokyklos ir miesto bendruomenei, mokykla tampa atviru kultūros centru, rengiami tradiciniai Kalėdiniai koncertai, moksleivių kūrybinės parodos, moksleivių ir mokytojų koncertai miesto mokyklų mokiniams, vaikų darželių vaikams ir kt. Treji metai vykdomas projektas „Muzikiniai rudenys”, kurio metu mokyklos mokiniai groja ir dainuoja su Šiaulių miesto kameriniu orkestru (vadovas Vytautas Janulevičius).
2002 metais įsteigtas papildomo ugdymo skyrius, kuriame buvo pynimo iš vytelių, vaikų teatro, dailės, šokių, modeliavimo, gitaros, vokalinio ansamblio, žaislų gamybos studijos ir būreliai. Papildomą ugdymą lankė 200 moksleivių. Vėlaiu dėl finansinių problemų šis skyrius sumažėjo.
Moksleivių skaičius muzikos ugdymo skyriuje išaugo iki 159. Mokiniai mokomi groti akordeonu, fortepijonu, fleita, kanklėmis, klarnetu, saksofonu, smuiku, trimitu, trombonu. Veikia akordeonistų, kanklininkių, smuikininkų, saksofonininkų ansambliai, jaunučių choras. Yra muzikos mokyklos klases Linkuvoje ir Rozalime.